Componenti dell'oloenzima: (1) l'enzima centrale e (2) il fattore sigma
La RNA polimerasi completa di E. coli è conosciuta come l'oloenzima. L'oloenzima è costituito dai seguenti due componenti: (1) l'enzima core e (2) il fattore sigma. L'oloenzima può essere simboleggiato come α 2 β β 'σ. !
1. L'enzima centrale:
L'enzima core non può iniziare la trascrizione nei siti appropriati, ma può sintetizzare l'RNA usando il DNA come modello.
Il core RNA polimerasi è costituito da quattro polipeptidi che sono dei seguenti tre tipi:
(a) La subunità α:
È presente in due copie / molecola dell'enzima core e si occupa del legame con il DNA del promotore. Il meccanismo esatto del suo legame con il DNA è sconosciuto.
(b) La subunità β:
È presente in una singola copia / molecola di enzima ed è coinvolto nel legame con i nucleotidi in entrata per la sintesi dell'RNA. Il riconoscimento dei nucleotidi corretti opposti alle basi del DNA sembra essere basato sulla loro geometria complessiva in relazione l'uno con l'altro piuttosto sul comportamento di accoppiamento delle basi.
(c) La subunità β ':
È coinvolto nel legame con il DNA del modello, cioè, il singolo filamento di DNA generato per permettere alla trascrizione di procedere.
Ogni subunità contribuisce alla funzione dell'enzima core nel suo insieme, che dovrebbe avere almeno i seguenti quattro siti funzionali distinti.
(i) Un sito di svolgimento del DNA che continua a srotolare il duplex del DNA mentre l'enzima nucleo si sposta di una base alla volta lungo il DNA che viene trascritto.
(ii) Il sito si lega al "filo antisenso", il filo che viene trascritto.
(iii) Un altro sito si lega al "filo sensibile", il filo complementare al "filo antisenso", del DNA che viene trascritto.
(iv) Un sito di riavvolgimento del DNA riguarda il riavvolgimento dei due strati di DNA in un duplex normale.
2. Il fattore Sigma:
Il fattore sigma è coinvolto nel legame stabile della RNA polimerasi al DNA del promotore; e possibilmente con l'inizio della trascrizione. Non è coinvolto nella trascrizione di per sé (cioè nella sintesi dell'RNA) poiché viene rilasciato quando la catena dell'RNA raggiunge le 8-9 basi; l'enzima core continua quindi la trascrizione.
RNA polimerasi negli eucarioti:
Tutti gli eucarioti possiedono tre classi distinte di RNA polimerasi chiamate RNA polimerasi I, RNA polimerasi II e RNA polimerasi III.
RNA polimerasi I:
Questo enzima si trova nel nucleolo ed è responsabile della trascrizione dell'RNA ribosomiale.
RNA polimerasi II:
Questa polimerasi si trova nel nucleoplasma che è parte del nucleo diverso dal nucleolo. Questo enzima è il componente principale dell'attività della RNA polimerasi e trascrive tutti i geni che producono l'mRNA. Negli eucarioti il trascritto è inizialmente nella forma di precursori dell'mRNA, chiamati RNA nucleare eterogeneo (hn RNA) che vengono successivamente elaborati in mRNA.
RNA polimerasi III:
Questo enzima si verifica nel nucleoplasma e trascrive i geni tRNA e 5S RNA.
RNA polimerasi organellare:
Oltre alle RNA polimerasi nucleari I, II e III, le cellule eucariotiche hanno una piccola quantità di attività della RNA polimerasi nei loro organelli, cioè mitocondri e plastidi. Queste polimerasi sono necessarie per trascrivere relativamente pochi geni presenti in questi organelli. Questi enzimi sembrano essere analoghi alle RNA polimerasi del fagi.
